Septembre 2026 : L’actu de la fonction publique hospitalière

 Voici en détail les principales actualités de la fonction publique hospitalière à retenir en septembre 2026. 

Congés de santé : une entrée en vigueur échelonnée à absorber en pleine rentrée

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie plusieurs règles relatives aux congés pour raisons de santé dans la fonction publique.

Son entrée en vigueur est progressive :

• la possibilité de réaliser certains examens médicaux à distance s’applique dès le lendemain de la publication, soit le 1er août 2026 ;
• l’essentiel des mesures relatives aux congés de santé est entré en vigueur le 1er septembre 2026 ;
• la visite de reprise s’appliquera à compter du 1er janvier 2028.

Pour les autorisations accordées ou prolongées à compter du 1er août 2026, le temps partiel thérapeutique doit prendre effet dans un délai maximal de 30 jours, sauf retour après un congé de longue maladie, un congé de longue durée ou un congé pour invalidité temporaire imputable au service. L’autorisation reste limitée à un an et le contrôle médical systématique au-delà de trois mois disparaît.

Les règles relatives aux arrêts de travail évoluent également. Le décret prévoit notamment un certificat d’arrêt sécurisé, encadre la durée des arrêts et précise les modalités de contrôle. En cas de refus de contrôle ou d’absence injustifiée, la rémunération peut être interrompue jusqu’à la fin de l’arrêt.

Les équipes RH doivent donc mettre à jour leurs procédures de gestion des absences et du temps partiel thérapeutique, ainsi que les paramétrages de leur logiciel RH de gestion des temps et de la paie.

Rupture conventionnelle : le dispositif devient pérenne

Le décret n° 2026-745 du 6 août 2026 adapte la procédure de rupture conventionnelle à sa pérennisation dans la fonction publique, effective depuis le 21 février 2026 après six ans d’expérimentation. Un arrêté du même jour actualise également les modèles de convention.

La procédure évolue sur deux points :

• L’agent peut désormais être assisté lors de l’entretien par un conseiller désigné par une organisation syndicale, même non représentative.
• Les trois versants de la fonction publique appliquent aussi la même règle de remboursement de l’indemnité en cas de nouveau recrutement dans les six ans.

Avant son recrutement, le candidat retenu doit transmettre à l’autorité de recrutement une attestation sur l’honneur indiquant s’il a bénéficié, au cours des six années précédentes, d’une indemnité spécifique de rupture conventionnelle.

Les établissements doivent également mettre à jour leurs procédures et leurs modèles de convention. Le dossier de recrutement doit également permettre d’identifier une éventuelle indemnité à rembourser.

À noter : Le décret n° 2026-746 du 6 août 2026 modifie également le barème de l’indemnité spécifique de rupture conventionnelle. Les montants minimaux et maximaux sont abaissés. Le plafond est désormais fixé à un vingt-quatrième de la rémunération brute annuelle de référence par année d’ancienneté, dans la limite de vingt-quatre années.

Les établissements doivent donc actualiser les simulations financières, les outils de calcul et les projets de convention qui n’étaient pas encore signés au 8 août 2026.

Évaluation des directeurs : la campagne 2026 est ouverte

Le Centre national de gestion (CNG) a lancé la campagne d’évaluation 2026 avec deux notes du 4 août :

• l’une concerne les directeurs d’hôpital (DH),
• l’autre les directeurs d’établissements sanitaires, sociaux et médico-sociaux (D3S) et les directeurs des soins (DS).

Dans les deux cas, les entretiens doivent avoir lieu au plus tard le 30 octobre 2026, et les supports signés être transmis au CNG avant le 30 novembre 2026, exclusivement par voie électronique et au format PDF interactif. S’y ajoutent les décisions de complément indemnitaire annuel (CIA) pour les directeurs d’hôpital, et les décisions relatives aux parts fonctions et résultats pour les D3S et les directeurs des soins.

Une autre évolution concerne l’évaluateur. Depuis le décret du 1er août 2026, le directeur général de l’Agence régionale de santé (ARS) peut déléguer l’évaluation de certains directeurs d’établissements publics de santé et d’établissements et services sociaux et médico-sociaux (ESMS) à des directeurs de l’agence, notamment en délégation départementale.

Les directeurs généraux de centres hospitaliers régionaux et de centres hospitaliers universitaires ne sont pas concernés par cette possibilité.

Les établissements doivent donc vérifier le calendrier applicable à chaque directeur, mais aussi l’autorité compétente pour conduire son évaluation lorsque l’ARS a mis en place une délégation.

RIFSEEP des directeurs d’hôpital : une échéance au 30 septembre

La mise en œuvre du régime indemnitaire tenant compte des fonctions, des sujétions, de l’expertise et de l’engagement professionnel (RIFSEEP) des directeurs d’hôpital se poursuit.

Les projets de cartographie sont réalisés au niveau des établissements, ou des directions communes le cas échéant, puis colligés au niveau du groupement hospitalier de territoire (GHT) et adressés au CNG au plus tard le 30 septembre 2026.

Le dossier comprend :

• la dernière version des organigrammes de direction
• et un tableau de synthèse, établi selon le modèle communiqué par le CNG, qui dresse la liste des emplois ayant vocation à être occupés par un directeur d’hôpital, le classement proposé et les éléments justifiant ce classement.

Le CNG dispose de quatre mois pour se prononcer sur la cartographie : sans réponse dans ce délai, elle est réputée approuvée, une demande de précisions ou de pièces complémentaires suspendant le délai.

Le classement retenu détermine notamment le montant de l’indemnité de fonctions, de sujétions et d’expertise associé à l’emploi.

En pratique, il est recommandé de vérifier la cohérence entre l’organigramme, les fiches de poste réellement exercées et le groupe proposé avant la transmission, puisque le classement retenu conditionne le montant d’IFSE associé à chaque emploi.

Ce qu’il faut retenir

En septembre, la priorité pour les établissements est de vérifier que les évolutions de l'été sont bien intégrées dans leurs procédures et leurs outils.

Les échéances les plus proches concernent l’évaluation des directeurs et la cartographie RIFSEEP, tandis que les nouvelles règles sur les congés de santé et la rupture conventionnelle nécessitent une mise à jour des pratiques RH, du SIRH et de la paie.

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Sources :

Journal officiel – Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, publié le 31 juillet 2026 (et rectificatif)
Journal officiel – Décret n° 2026-745 du 6 août 2026 relatif à la procédure de rupture conventionnelle dans la fonction publique, publié le 7 août 2026, et arrêté du 6 août 2026 fixant les modèles de convention
Journal officiel – Décret n° 2026-746 du 6 août 2026 modifiant le décret n° 2019-1596 du 31 décembre 2019 relatif à l’indemnité spécifique de rupture conventionnelle dans la fonction publique, publié le 7 août 2026
Portail de la fonction publique – La rupture conventionnelle pérennisée dans la fonction publique, 2026
Journal officiel – Décret n° 2026-721 du 1er août 2026 relatif à l’évaluation des directeurs des établissements mentionnés aux 1°, 2°, 3° et 5° de l’article L. 5 du Code général de la fonction publique, publié le 2 août 2026
CNG – Note d’information n° CNG/DGD/2026/115 du 4 août 2026 relative à l’évaluation des directeurs d’hôpital au titre de l’année 2026
BO Santé, Protection sociale, Solidarités – Note d’information n° CNG/DGD/2026/116 du 4 août 2026 relative à l’évaluation et à la prime de fonctions et de résultats des directeurs d’établissements sanitaires, sociaux et médico-sociaux et des directeurs des soins
FHF – DH, D3S, DS : modalités d’organisation de la campagne d’évaluation 2026, 8 septembre 2026
DGOS – Instruction n° DGOS/RH4/2026/100 du 28 juillet 2026 relative aux modalités d’application du RIFSEEP aux directeurs d’hôpital, et arrêté du 30 juillet 2026
CNG – Réforme du statut des directeurs d’hôpital, page consultée le 10 septembre 2026